En AlgaQua empleamos sistemas de producción basados en lo que se conoce como Acuicultura Multitrófica Integrada que consiste en cultivar distintas especies, de forma que los desechos de una son aprovechadas por otras, por ejemplo, el agua proveniente de la cría de peces que es rica en nutrientes puede ser aprovechada para crecer vegetales.

Esta técnica se basa en la producción sin suelo, es decir, los vegetales que se producen crecen directamente con sus raíces en un fluido nutritivo. Lo interesante del sistema  es que en lugar de usar fertilizantes químicos, emplean agua proveniente de la cría de peces, que es rica en nutrientes, así se aprovechan estos desechos y se devuelve el agua filtrada o limpia a los peces. De esta forma se consigue recircular constantemente el agua, reduciendo su consumo hasta en un 70-80% con respecto a métodos de producción tradicionales, consiguiendo producir proteína animal y vegetales/algas en el mismo sistema. Estos sistemas se pueden utilizar tanto en agua dulce como en agua salada, cultivando tanto vegetales como algas.